熱帶雨林的垂直結構有多種分層方式，一般是以樹冠或植物的高度為依據，劃分為：1.突出層、2.樹冠層、3.下木層、4.灌木層、5.地被層。分述如下：
1.突出層（emergent species level）
突出層是熱帶雨林所特有，高度一般都超過30m，最高甚至可達80m。
由於馬緯度無風帶的氣流下沉，氣候乾燥而無法形成森林。只有熱帶雨林所在的赤道無風帶得天獨厚——熱對流旺盛而使得降雨量極高，孕育廣大的森林。而森林中的樹木生長在雨水豐沛、溫度適宜、光照充足的生育地，在不受強風吹拂的影響下，一旦長成便有機會向上不斷生長，竄出樹冠層。
突出樹不受限制，其樹冠會向四周擴展而成傘狀。不過，突出層是不連續的，每棵巨木的樹冠至少相隔1m以上——科學家稱此種景觀為「樹冠的羞卻」。
由於缺乏保護，真正完全生活在此層的動物不多，主要是一些昆蟲，還有大型猛禽會在此層築巢——如南美洲的扇鷲，非洲的冠鷹，而白天狐蝠也常大群懸掛於樹上。其他中小型樹棲性鳥類、哺乳類則偶爾會到突出樹上活動。
水平結構探討的是樹冠所形成的「連續平面」。
熱帶雨林中，每一公頃的土地上可能會有一百種以上，甚至高達三百種大型樹木。然而，同種樹木在雨林裡呈現群聚（clumped）分布或隨機（random）分布的狀態，同一樹種的不同族群往往相距甚遠。因此，優勢樹種（dominant species）不易判定。然而，相較於樹種少而具優勢種的森林，「優勢科（dominant family）」卻存在並支配樹種多樣性極高的熱帶雨林。例如龍腦香科的植物廣泛分布在馬來亞雨林，占所有成熟樹木總數的25%。在婆羅洲，甚至有90%的突出樹屬於龍腦香科。
林冠型態的發展由優勢科樹木所控制。不同地區，優勢科不同，冠層的型態、高度不盡相同；突出冠層的樹種，及其高度、密度也不一樣。即使是同一地的雨林，優勢科的消長、交替、發育，同樣主導了林冠的樣貌。隨著時間推移，冠層也不斷變化。
此外，熱帶雨林雖已達極盛相（climax），然而，演替（succession）和更新（regeneration）依舊不斷發生。突出樹與冠層林木自然的老死、病蟲害、暴雨、閃電、地震、火災等，都可能造成孔隙（gap）。孔隙的產生，使陽光有機會穿落林下，到達地表。林下原有的種子、樹木幼苗（seeding）、小樹（sapling）便有機會長大，然後再恢復成森林。因此，在雨林中亦可見到植群演替的不同時期（phase）——孔隙（gap）、建立（building）、成熟（mature）三階段，小面積的坐落於大片森林之中。如此構成廣大雨林裡樹木區塊（patches）的鑲嵌（mosaic）結構，而當中不同同生群（synusiae）比例的多樣化則決定於更新的階段。
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學名（Scientific name）：Hernandia nymphaeifolia (C. Presl) Kubitzki
科名（Family）：蓮葉桐科（Hernandiaceae）
原產地（Distribution）：舊熱帶（Old World tropical）
生育地（Habitat）：海岸、海岸林（coastal forest）
海拔高（Altitude）：海岸（coastal）
蓮葉桐又稱臘樹，蓮葉桐科大喬木，高可達20公尺，樹幹通直。單葉、盾狀、全緣。單性花，雌雄同株，聚繖花序、腋生。核果，果實外圍有水缸狀的果托，是海漂的利器。蓮葉桐是熱帶海岸林優勢種及特徵樹種。雖嗜光卻耐陰，林下更新良好。在演替上似乎較棋盤腳略晚。熱帶海岸林由許多海漂植物構成。這些植物的果實藉由不同的機制漂浮於水，利用海流散播至各地，打破了地理上的隔閡。東半球熱帶海岸林特徵樹種如欖仁、棋盤腳、瓊崖海棠、黃槿、林投、可可椰子；西半球如海葡萄等。此外，熱帶海岸林雖受限於海岸特殊的環境條件而無法發育多層次結構與高物種歧異度，但因部份植物具有板根、支柱根、幹生花，還具有木質藤本與著生植物等熱帶雨林特色，故又被稱為「簡化型熱帶雨林」。
學名：Platycerium ridleyi Christ
科名：水龍骨科（Polypodiaceae）或鹿角蕨科（Platyceriaceae）
原產地：泰國最南部、馬來半島、蘇門答臘中部、婆羅洲北部
生育地：熱帶雨林、泥炭沼澤林內樹幹上高位，著生
海拔高：200m以下
猴腦又稱為馬來鹿角蕨，是最小型的鹿角蕨，著生性草本，單芽型。二型葉，圓形的營養葉葉脈隆起，且包覆在樹幹上而不上揚，看上去便像大腦似的，故名「猴腦」。而它上揚如鹿角的孢子葉，也與其他下垂型的鹿角蕨有所不同。孢子囊群著生於湯瓢形的小裂片上。此外，是猴腦是蟻植物，營養葉內常有蟻巢，隆起的葉脈是螞蟻的通道。在野外，猴腦不像其他鹿角蕨著生在樹幹垂直面，反而是著生在水平面上。因此胖胖樹建議，猴腦採盆植較適當。另外還要小心蟑螂啃食。
學名：Artocarpus treculianus Elmer
科名：桑科（Moraceae）
原產地：菲律賓、蘭嶼
生育地：熱帶森林
海拔高：850m以下
麵包樹是桑科麵包樹屬大喬木，高可達40公尺，樹幹通直，基部具有板根。全株披硬毛，且跟榕樹一樣具白色乳汁。二型葉，全緣或一回羽狀裂。托葉三角形，早落。單性花，雌雄同株，雄花序棍棒狀，雌花序球狀。聚合果可食，果實俗稱麵包果。台灣各地校園、公園皆十分常見，亦是胖胖樹最早收集的喬木。在花蓮有大面積栽植，原住民稱之為巴吉魯。胖胖樹認為麵包樹最特殊的莫過於它的大葉子，時呈羽狀裂、時而全緣。幼木與成木又有所不同，變異極大。麵包樹過去常被視為太平洋麵包樹（Artocarpus altilis /Artocarpus incisus），但事實上台灣常見的麵包樹，無論果實、花序與葉子質地與太平洋麵包樹有顯著差異。目前最新研究，兩種是不同物種的植物。
學名：Theobroma cacao L.
科名：梧桐科（Sterculiaceae）
原產地：南美洲北部奧利諾科河與內革羅河沿岸
生育地：熱帶雨林
海拔高：0-500m
可可樹是梧桐科常綠小喬木，高可達15公尺。單葉、互生、全緣、新葉紅色、尾狀尖，托葉線型、早落。幹生花，單生或叢生。果實紡錘狀，成熟時紅色或黃色。不用懷疑，這個可可就是做巧克力的可可。目前全世界的可可大概都是人工栽植。野外已經很少見了。可可的食用可以追朔到3500年前墨西哥Oleic人，西元三世紀，可可樹已成為馬雅人重要的農作物。1502年6月，哥倫布四度來到西印度群島，印地安人請他喝可可豆磨粉所做成的飲料。但，他卻覺得可可豆飲料相當難喝而不予重視。這是可可和西方文明第一次相遇，可惜並沒有受到注意。16世紀中可可終於被帶回歐洲，17世紀風靡全歐。現在全球熱帶廣泛栽植，且全世界都愛吃巧克力。可可樹葉片很大，而且有明顯的尾狀葉尖，還是幹生花。全身上下充滿熱帶雨林的氣息。不過可可樹相對柔弱，要在溫暖、潮濕、避風又半遮陰的環境才長得好。
學名：Myristica ceylanica A. DC.var. cagayanensis (Merr.) J. Sinclair
科名：肉豆蔻科（Myristicaceae）
原產地：菲律賓、蘭嶼、綠島共同特有
生育地：潮濕原始林
海拔高：低海拔
蘭嶼肉豆蔻是肉豆蔻科大喬木，高可達20公尺，樹幹通植，基部具板根。單葉、互生、全緣。單性花，雌雄異株。聚繖花序、腋生。核果會開裂，假種皮紅色。學名裡的var.是變種的意思，後頭是變種名。他主要長在蘭嶼天池附近，還有天池東方平坦坡面的森林裡，在台灣屬於瀕臨絕種的植物。不過，前幾年在林務局的大力推廣下，目前許多地區的公園都可以見到，只是長得沒有原產地那麼雄偉罷了！聽說，蘭嶼肉豆蔻的種皮可以當作肉豆蔻的代用品，是中藥材，不知是真是假。目前胖胖樹的熱帶雨林內有三棵。其他地區，如台北植物園、台中科博館植物園蘭嶼區、北屯路舊社公園、中興大學、彰化八卦山、屏科大，皆可見到。
學名：Sterculia ceramica R. Br.
科名：梧桐科（Sterculiaceae）
原產地：婆羅洲沙巴、蘇拉威西、摩鹿加、菲律賓、蘭嶼、綠島
生育地：低海拔森林或海岸林
海拔高：0-300m
蘭嶼蘋婆是梧桐科小喬木。單葉、互生，且有尾狀葉尖，新葉紅色。雜性花，黃綠色，圓錐花序腋生。蓇葖果，種子橢球狀，黑色。即採即播發芽率較高。幼苗好濕、耐陰。台灣野外僅見於蘭嶼、綠島。本島各地偶見栽培，科博館植物園蘭嶼植物區可見。蘭嶼蘋婆跟一般常見可以吃的蘋婆（Sterculia monosperma），或稱鳳眼果同屬。種子也可以吃。但種子較小，口感較差。鳳眼果是什麼呢？華北吃栗子，江南吃鳳眼果；就像華北吃麥子，江南吃稻子一樣。不過，台灣食用鳳眼果的人似乎較少，只有中南部市場較常見。
學名：Pometia pinnata J. R. Forst. & G. Forst.
科名：無患子科（Sapindaceae）
原產地：印度、斯里蘭卡、中國雲南、安達曼、尼古巴、泰國、越南、馬來西亞、婆羅洲、新幾內亞、太平洋島嶼、菲律賓
生育地：低地熱帶雨林、溪畔
海拔高：700以下
番龍眼又稱台東龍眼、芭樂龍眼，跟龍眼算是兄弟，都可以食用。無患子科大喬木，樹高可達35公尺，直徑可達1.5公尺，樹幹通直，基部具板根。一回羽狀複葉，小葉疏鋸齒。雜性花，圓錐花序腋生，核果。蘭嶼、花蓮、台東的達悟族、阿美族、排灣族、卑南族原住民皆常栽植番龍眼，不過市面上買不到鮮果。他的分布從印度、斯里蘭卡向北延伸至雲南西雙版那，往南過海至安達曼、陸路經泰國、馬來半島，再由蘇門答臘轉向東、經爪哇、西里伯斯、新幾內亞，東抵薩摩亞。往北經婆羅洲達菲律賓。蘭嶼地區是否自生，亦或由原住民引進，學者們說法不一。不過，番龍眼是亞洲熱帶雨林重要樹種無疑。所屬之無患子科，除了番龍眼、龍眼，還有荔枝、紅毛丹等，都是這一個家族的水果，一結實就滿滿一棵樹，叫無患子當之無愧。近年來果樹業者有從東南亞其他國家引進不同品種的番龍眼，業者取名馬托亞龍眼（matoa）、紅豆龍眼、斐濟龍眼、黑龍珠龍眼、美國龍眼、巴西龍眼等。據說風味比蘭嶼的番龍眼更佳，甚至有榴槤口味。
學名：Garcinia intermedia (Pittier) Hammel/Rheedia intermedia PittierKurz.
科名：金絲桃科/藤黃科（Guttiferae/Clusiaceae）
原產地：中美洲
生育地：潮濕森林
海拔高：0-1219m
檸檬山竹就是大家所熟知的爪哇鳳果或大葉鳳果。光復後自波多黎各引進檸檬山竹時，一度把他誤認為Garcinia dulcis。但真正的Garcinia dulcis果實直徑約7公分，與檸檬山竹明顯不同。後來廖日京教授更名為Garcinia celebica。可是Garcinia celebica果實略成水滴狀，也與檸檬山竹不同。拜網路發達之賜，檸檬山竹才得以正名。檸檬山竹是金絲桃科常綠小喬木，高可達5公尺。葉對生，全緣，嫩葉茶褐色。果實球型，成熟時黃色。檸檬山竹當然也可以食用，但是不好吃，而且很酸。此外，檸檬山竹是直根系，根比地上部長得多。就胖胖樹的經驗，一年生的小苗地上部10公分，地下部可以超過20公分。台大竹山下坪熱帶樹木園有栽植，花市偶爾可見。栽培十分容易，台灣平地不需擔心寒害，但須使用較深的盆器。過去偶爾會被混充山竹幼苗販售，可由葉脈做簡單的辨識：山竹葉背的葉脈明顯，成閉鎖脈，會在近葉緣處環繞成一圈，爪哇鳳果葉背葉脈會延伸至葉緣。胖胖樹熱帶雨林栽培的同屬植物尚有山竹 (Garcinia mangostana)、山鳳果 (Garcinia hombroniana)、蛋樹(Garcinia xanthochymus)、福木(Garcinia subelliptica)。
學名：Haematoxylum campechianum L.
科名：豆科蘇木亞科（Leguminosae/Caesalpinioideae）
原產地：墨西哥猶加敦半島至宏都拉斯
生育地：河岸林、河岸林或沼澤主要樹種
海拔高：0-100m
墨水樹是小喬木，高可達15公尺。小枝有刺。一回羽狀複葉，小葉呈倒三角形或倒心形，新葉紅色。花黃色，總狀花序。莢果。之所以叫做墨水樹是因為它是重要的藍紫色染料，也是顯微鏡觀察時重要的細胞染色劑。「L.」，表示命名者是鼎鼎大名的林奈先生。原產於中美洲，1918年引進台灣，各地偶見栽植。
學名（Scientific name）：Swietenia macrophylla King
科名（Family）：楝科（Meliaceae）
原產地（Distribution）：墨西哥至巴拿馬（Mexico to Panama）、哥倫比亞（Colombia）、巴西（Brazil）、祕魯（Peru）、厄瓜多（Ecuador）、波利維亞（Bolivia）
生育地（Habitat）：散生河流兩岸、熱帶雨林至疏林（Tropical rainforest to open forest）
海拔高（Altitude）：0-1500m
大葉桃花心木是楝科大喬木，高可達30公尺，樹幹通直，基部具板根。一回羽狀複葉，嫩葉紅色。花小型，綠白色，圓錐狀聚繖花序。蒴果木質，五裂，種子具長翅。大葉桃花心木在中南美洲就像台灣的樟樹一樣，從平地到海拔1500m都可以見到，是歐洲高級家具的用材。在台灣是常見的行道樹。大葉桃花心木最特別的地方在於他有「重演化」的現象，跟人類在母親肚子裡時一樣，成長過程會把祖先的特徵重新呈現一遍。他剛發芽的時候是單葉，然後變成三出葉，然後五片小葉的奇數羽狀複葉，再來是七片，甚至九片小葉的奇數羽狀複葉，最後頂端的小葉退化，變成偶數羽狀複葉。大葉桃花心木會換葉，把舊葉子通通換掉，這在熱帶雨林裡是常見的現象，目的是減少病蟲害，跟溫帶的樹為了避寒而落葉的機制不一樣！
我一直夢想有一個自己的植物園，而我就是園長。只是我暫時沒有財力這樣亂搞。不過這幾天在網路上一個植物版張貼我種的熱帶植物，廣受好評，回應熱烈。於是我突發奇想，也決定在我的網誌上介紹我辛苦蒐集的熱帶植物。最開始放在MSN Space，最近聽說Yahoo併購無名小站，也許會變得更好用，所以搬來這裡跟其他文章區別。未來會陸續介紹不同的植物，不過都放在Yahoo的部落格就是了。
木本植物 (6) 特殊分類植物 (11) 草本植物 (4) 蘭科植物 (4)
